淀粉颗粒具有结晶性结构。颗粒的一部分具有结晶性结构，分子间具有规律性排列。另一部分为无定形结构，分子间排列杂乱，没有规律性。

淀粉分子具有众多的羟基，亲水性很强，但淀粉颗粒球不溶于水，这是因为羟基之间通过清廉结合的缘故。颗粒中水分也参与氢链的结合。

淀粉颗粒具有渗透性，水和水溶液能自由渗入颗粒内部。淀粉与稀碘溶液接触很快便蓝色，表明点溶液和块渗入颗粒内部与其中链淀粉起反应呈现蓝色，蓝色的淀粉颗粒在于硫代硫酸钠溶液相遇时，蓝色有同样很快消失，表明溶液很快渗入颗粒内部。起了反应。这种快速的颜色变化表明，淀粉颗粒具有很高渗透性。工业上采用化学方法生产变性淀粉便是利用颗粒的渗透性，水起到载体作用。淀粉颗粒内部有结合无定形区域，后者具有较高的渗透性，化学反应主要发生在此区域。